小腸は，胃の幽門に始まり，回盲口によって盲腸に開くまでの全長約6mの中空性器官である．
胃で糜汁化した食物を下部消化管へと輸送しつつ，小腸自身や付随する腺（肝や膵臓）から分泌された消化酵素によってそれを完全に消化し，
栄養分を吸収するという第一義的機能のほかに，人体最大の免疫器官としての機能も有する．
小腸は，十二指腸，空腸および回腸の3つの部位に区分される．
十二指腸は小腸の初部を成し，胃の幽門から十二指腸提筋（Treitz靱帯）で固定された十二指腸空腸曲までの20～30cmの部位をいう．
十二指腸は腸間膜を欠き，前面をおおう腹膜の続きによって後腹壁に固定されており，膵頭部の縁を取り囲むように左上方に開いたC字状の走行を示す．
下行部ほぼ中央の後内側壁に十二指腸乳頭が隆起し，ここに総胆管と膵管が合一して，あるいは別々に開口する．
十二指腸空腸曲から回盲口までの小腸は，
12～15cm長の腸間膜によって後腹壁に連結されているので，腸間膜小腸と呼ばれており，これを空腸と回腸に分ける．
両者の間には判然とした解剖学的境界はなく，一般に口側の2/5を空腸，肛門側の3/5を回腸としている．
前者は腹腔内の左上方を，後者は右下方を占める．
小腸内面の構造
小腸内面は，粘膜の表面積を広げるために特殊化した構造，すなわち輪状ひだ（Kerckring皺襞または弁）と腸絨毛によって特徴付けられる．
輪状ひだは小腸長軸に対し横に輪状に走る比較的大きい（長さ5cm，高さ8mm，厚さ3mm程度）ひだで，
通常管壁内面全周の1/2～1/3を，時に全周あるいは周囲2/3程度を取り囲む．
このひだは，十二指腸起始部下方2.5～5cmの部位から出現し，十二指腸の終わりから空腸の近位で最もよく発達して多数となり，
下部に行くに従い漸減し高さも低くなり，回腸末端ではほぼ消失する．輪状ひだは，組織学的には粘膜と粘膜下組織で構成されている．
腸絨毛は，小腸粘膜の指状ないし葉状の小突起（長さ0.5mm程度）で，小腸粘膜表面がビロード状もしくはベルベット状を呈するのはこれに起因する．
この腸絨毛の密度はやはり上部ほど大きく，回腸末端に至れば著しく疎となる．
絨毛の形態は十二指腸を含めた小腸上部では葉状，下部では指状，終末回腸では短い糸状を呈する．
さらに，小腸内面には所々に孤立リンパ小節あるいは集合リンパ小節（Peyer板）などのリンパ装置が散在している．
前者は針頭大で，小腸粘膜のいたる所に存在するが，後者は腸間膜付着対側に位置し，
腸管長軸方向に長い楕円形（長径12～20mm，8～12mm大）の低い扁平な隆起として認識され，
回腸，特にその末端部に多い．これらリンパ装置の表面には腸絨毛を欠く．
小腸の組織学的構造
小腸の3部位の組織学的な構造はそれぞれ多少は異なるが，基本的には同一である．
すなわち，内側より粘膜，粘膜下組織，筋層，漿膜（または外膜）の4層から構成されている．
小腸粘膜は，粘膜上皮とそれを裏打ちする粘膜固有層，および粘膜の外境界を成す粘膜筋板から成る．
粘膜には内腔側に突出する腸絨毛と，絨毛基部から管状に陥入する上皮性の管，すなわち腸陰窩（Lieberkuhn腺）が分化している．
いずれの表面も単層円柱上皮でおおわれているが，腸絨毛と腸陰窩では上皮を構成する細胞の種類が異なる．
つまり，腸絨毛の上皮は，多数の吸収上皮細胞（absorptive epithelial cell）とよばれる小皮縁（刷子縁）をもつ円柱上皮細胞と，
少数の杯細胞（goblet cell）と呼称される粘液分泌細胞から構成される．
これに対し，腸陰窩の上皮は，核上部に好酸性の大型の顆粒を多数含むPaneth細胞，
主として核下部に好酸性の微細顆粒を充満した基底顆粒細胞（basal granular cell）と，形態学的な特徴に乏しく，
総括的に未分化上皮細胞（undifferentiated cell）ないし陰窩細胞（crypt cell）と呼称される細胞より成る．
また，杯細胞も腸陰窩の上部にしばしば出現する．
基底顆粒細胞の分泌顆粒には，
ポリペプチドホルモンないしアミン類が含まれていることから，胃腸管系内分泌細胞（enteroendocrine cell）とも呼ばれているが，
この中にはEC細胞，D細胞，M細胞など十数種の細胞が知られている．
この内分泌細胞は十二指腸で最も豊富で，空腸・回腸に向かうに従い，その出現頻度は低下する．
Paneth細胞の機能は不明であるが，
（1） その顆粒はacid phosphatase活性を有することから，ライソゾーム（lysosome）の一種と考えられること，
（2） 顆粒には溶菌ないし殺菌作用のあるリゾチーム（lysozyme）が含まれていること，
および （3） 細胞自身が細菌などの異物を貪食する能力をもつことなどから，
Paneth細胞はリゾチームの分泌や細菌の貪食・消化分解を介して，腸内細菌叢の調節に大きな役割を演じていることが示唆されている．
Paneth細胞は，小腸の各部とも存在するが，空腸に最も多い．
未分化上皮細胞は，腸陰窩の大部分を占める細胞で，吸収上皮細胞よりも丈が低く，小皮縁も不明瞭な細胞である．
この細胞は，吸収上皮細胞，杯細胞，基底顆粒細胞，およびPaneth細胞などに分化，成熟しつつある細胞と考えられている．
未分化上皮細胞のうち，腸陰窩の底部に位置する細胞は最も未分化な細胞と考えられており，この細胞からすべての小腸上皮細胞は分化する．
粘膜上皮を裏打ちする粘膜固有層は疎性結合組織から成り，多数のリンパ球，形質細胞，好酸球などの遊走細胞を伴う．
腸絨毛の芯部の粘膜固有層にはよく発達した有窓型毛細血管網と1～2本の中心乳糜管が存在し，